Có thể diệt ruồi trực tiếp bằng hóa chất diệt côn trùng hoặc bằng các biện pháp vật lý như bẫy tấm dính, vỉ đập, vỉ điện. Dù bằng cách nào cũng cần phù hợp với điều kiện vệ sinh môi trường.
1. Vệ sinh môi trường:
Làm mất hoặc làm giảm nơi đẻ trứng của ruồi: Cần có rãnh thóat nước, phân, nền sàn nên làm bê tông và xối sạch hàng ngày ở chuồng trại súc vật, gia cầm. Thu dọn phân thành đống và đậy lại bằng tấm nhựa và có điều kiện nên làm khô phân trước khi ruồi có thời gian đẻ và phát triển. Làm tấm đậy các hố xí hở, và nên xây dựng những hố xí kín ở những khu dân cư. Rác rưởi và các chất thải hữu cơ cần làm sạch triệt để bằng cách thu dọn vào vật chứa, chuyên chở và xử lý đúng cách.
Làm giảm những nguồn thu hút ruồi từ nơi khác đến: Ruồi thường được thu hút bởi mùi phát ra từ các ổ đẻ của chúng, mùi sinh ra từ thức ăn cá, xương, đường mía, sữa, hoa quả lên men …Cần giảm và làm sạch những chất này.
Đề phòng sự tiếp xúc giữa ruồi và mầm bệnh: Nguồn mầm bệnh của người và động vật bao gồm phân của người và động vật, rác thải, cống rãnh, mắt đau, chỗ lở loét, vết thương mổ …
Bảo vệ không cho ruồi tiếp xúc với thức ăn, đồ dùng nhà ăn và với người: Đậy kín chạn bát, thức ăn. Làm lưới cửa ra vào và cửa sổ cũng như chụp màn để bảo vệ trẻ con khi ngủ để không cho ruồi và các côn trùng khác vào.
2. Phương pháp vật lý:
Chúng ta có thể sử dụng những lọai bẫy ruồi như: bẫy ruồi, bẫy dính, bẫy điện…Sử dụng các chất hấp dẫn ruồi đến ăn và ruồi sẽ bị nhốt trong bẫy ruồi, bị dính vào các chất dính hoặc bị điện giật chết.
3. Phương pháp hóa học:
Một số biện pháp hóa học như sử dụng hộp Dichlorvos bốc hơi, bả diệt ruồi, phun tồn lưu, phun không gian, phun hóa chất diệt dòi vào ổ đẻ của ruồi …Những biện pháp này diệt ruồi rất nhanh, được áp dụng khi có dịch tả, kiết lỵ, đau mắt, nhưng hạn chế sử dụng bởi vì ruồi phát triển tính kháng hóa chất rất nhanh.
Một số hóa chất sử dụng làm bả diệt ruồi như các hợp chất phospho hữu cơ (dichlovos, diazinon, malathion …); hợp chất carbamat (propoxur, formaldehyd ..).Các hóa chất sử dụng để phun tồn lưu hoặc phun không gian như các hóa chất nhóm pyrethroid: Alphacypermethrin, cyfluthrin,deltamethrin, permethrin, lambdacyhalothrin …
4. Phương pháp dân gian:
Ruồi thích ánh sáng thường ban ngày, như do ruồi có mắt kép phản xạ nhanh với ánh sáng phản chiếu bởi loại gương cầu. Vì vậy người ta cho nước sạch vào túi nylon, treo trong nhà, ruồi bay qua bay lại gặp phải ánh sáng phản quang từ các túi nylon đựng nước, ruồi sợ và bay xa. Đây là biện pháp các quán hàng ăn uống thường sử dụng rất có hiệu quả.